Los ecosistemas de aguas profundas en el PSO son prácticamente desconocidos. La exploración de comunidades mesopelágicas (>500 m) y abisopelágicas (>3000 m) representa una oportunidad única para descubrir nuevas formas de vida, especies y genes para la ciencia, así como es un gran desafío para la oceanografía en la cuenca del Pacífico Sur. Esta iniciativa permitirá develar los mecanismos por los cuales las comunidades se distribuyen ampliamente y colonizan hábitats únicos, como la Fosa de Atacama y las cordilleras de Nazca, Salas & Gómez y Juan Fernández. Nuestra hipótesis es que estas cordilleras contribuyen significativamente a la dispersión de especies y al flujo génico en la dirección costa-océano, impulsada por la circulación de masas de agua y la mezcla asociada con la dinámica física de mesoescala y gran escala. Para abordar el tema se llevarán a cabo muestreos de aguas profundas, incluyendo una red MOCNESS (6500 m de profundidad máxima) con un Perfilador Visual Subacuático (UVP), sensores de conductividad, temperatura, fluorescencia, y redes para muestreo estratificado. El Perfilador Visual Subacuático proporcionará perfiles de distribución de tamaño de partículas, mientras que las muestras de red serán divididas en fracciones para examinar animales vivos, análisis de ADN y estudios taxonómicos. Se tomarán además muestras de agua para realizar análisis moleculares y de genómica de comunidades microbianas (virus a protistas). Se desarrollarán sistemas de incubaciones in situ para realizar estimaciones de actividad/tasas (micro)biológicas. También, se realizarán evaluaciones cualitativas y cuantitativas de parásitos de peces y plancton, como biomarcadores de dispersión de especies-huésped y la colonización de hábitats. Se utilizarán modelos individuales y biogeoquímicos para analizar los mecanismos que contribuyen a la mantención de comunidades endémicas y la conectividad entre diferentes islas, montes submarinos y otras regiones oceánicas. Las expediciones se llevarán a cabo en forma conjunta con socios internacionales. Los análisis moleculares de plancton seleccionado se centrarán en microsatélites de ADN y ADN mitocondrial para relacionar las poblaciones muestreadas y las especies en la dirección costa-océano y en la dimensión vertical. También, se caracterizarán las condiciones biogeoquímicas del océano profundo, incluyendo mediciones de reservas de carbono, pH/pCO2, y estados de saturación de calcita y aragonita (Ω). Isótopos de carbono inorgánico (12C, 13C, 14C), carbono orgánico disuelto, y determinaciones de edad (DO14C) serán también incluidas con el fin de conocer tasas biogeoquímicos y la mezcla de masas de agua en los ecosistemas de aguas profundas.
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